El equipo queda en el puesto 11º del grupo consiguiendo el objetivo de la permanencia un año más. El Burgos CF en estas dos temporadas se podía considerar en una situación privilegiada como era tener compitiendo al equipo filial en la categoría inmediatamente inferior en la que estaba el primer equipo, como era la Tercera División. El Burgos CF «B», primer filial blanquinegro, surgió en la temporada 2002/03 con la idea de formar y nutrir de futbolistas al primer equipo.